3月3日，南京高新区南京生物医药谷被国家科技部批准为国家级科技企业孵化器。

5月19日，西门子授权南京惠然流量工厂开业典礼在高新区隆重举行。

7月5、9日，《关于印发〈高新区体制机制改革工作方案〉的通知》宁高工委﹝2016﹞38号、《关于印发〈高新区体制机制改革机构设置实施方案〉的通知》宁高工委﹝2016﹞39号，高新区实施体制机制改革工作。本次管委会（总公司）共设置11个职能部门和1个派驻机构（监察室）。园区设立6个办事中心（分非经营性、经营性），5个产业平台。

7月21日，南京欧美嘉生物科技有限公司与南京高新区管委会正式签约，欧美嘉生物科技临床检验服务中心正式落户南京高新区。

7月30日，猪八戒网联合创始人刘川郁与高新区成功签署猪八戒网江苏总部项目暨“江苏省‘互联网+’型创新创业综合示范区”项目合作协议。

10月26日上午，南京同仁堂药业有限责任公司新版GMP达标改造项目奠基仪式在南京高新区隆重举行。项目规划用地10.3万平方米，预计投资56786.80万元，一期建设完成后，将形成年处理中药材9000吨，年产颗粒剂2600吨、丸剂2600吨、片剂4亿片、胶囊剂5亿粒、口服液1亿支的生产规模，最大年产值可达20亿元。

11月19日，南京江北新区集成电路产业技术创新中心在南京高新区正式揭牌，它将开启南京集成电路产业发展的新里程。

11月24日上午，省委副书记、市委书记吴政隆在南京高新区调研时强调，要认真贯彻落实省党代会精神，聚力创新、对标先进、争创一流，努力打造创新高地、产业高地。

12月22日，南京高新技术经济开发有限责任公司美元境外债券成功发行。本次债券在香港市场以私募方式发行，金额3亿美元，民生银行香港分行为债券发行全球协调人。

12月26日，中国信息化研究与促进网公布《2016年中国优秀政务平台推荐及综合影响力评估结果通报》，南京高新技术产业开发区官方网站荣获2016年度“中国政务网站领先奖”。